La vie de Shrek, marié à la princesse Fiona, s'écoule paisiblement jusqu'au jour où le père de celle-ci, le roi, tombe gravement malade.
Le trône est alors laissé vacant et c'est à Shrek et ses amis que revient la lourde tâche de trouver un successeur au souverain pour pouvoir peut-être enfin retourner très vite à la vie paisible dans les marais.